洁净室压差控制的基本原理是控制送风量、回风量和排风量。当维持送入洁净室内的空气量适当多于机械回风和机械排风量，可维持室内一定的正压值。当洁净空调系统过滤器积尘造成新风、送风管道阻力增加影响风量，与楼道、室外相邻的洁净室也会因热压、风压变化影响房间的正压，因此洁净室压差值需经常进行检查。